Historia

Angel Beats! ocorre em uma escola de "vida após a morte", em algum lugar entre o Céu e a Terra, onde os alunos aprendem a abandonar todas as tristezas e arrependimentos que vieram a acontecer em suas vidas, antes de reencarnar em uma nova vida, desaparecendo deste mundo. Quando é provocada uma ferida ou qualquer outra causa de morte, os alunos ainda podem sentir dor e qualquer outra sensação, de quando eles estavam vivos, inclusive a de morrer, mas depois de um tempo eles acordam sem nenhum ferimento.
A história segue a vida do protagonista, Otonashi, um rapaz que perdeu suas memórias sobre sua vida na Terra (que é comum em casos de morte traumática). Depois de acordar da morte, ele conhece uma garota chamada Yuri, que o convidou para se juntar ao sensen Shinda Sekai abreviatura "SSS"( 死んだ 世界 戦線 "Frente de Batalha pós vida") ou "Class 3S" como também é chamado. O SSS, cujo nome muda frequentemente. É uma organização fundada com o propósito de lutar contra Deus, pelo cruel destino que os membros do SSS sofreram em vida.
Neste mundo estranho são enviados as pessoas que não eram felizes ou não conseguiram o que queriam fazer na vida: têm, portanto, uma espécie de segunda chance, e quando finalmente percebem o que fazer para reparar podem desaparecer e reencarnar. Nesse mundo também são encontrados os personagens chamados "NPCs" (Non-player characters) que se comportam como alunos-modelo. Assim todos os alunos e professores são, na verdade NPC sem uma alma. O único inimigo do grupo nesse mundo é uma menina chamada de "Tenshi"(Anjo), que acaba por ser a presidente do Conselho Estudantil. Um ser com poderes sobrenaturais que luta contra o SSS. Yuri acredita que quem segue as ordens do anjo e se comporta como um aluno normal da escola acabará por desaparecer. No entanto, aqueles que preencham os seus sonhos nesse mundo também desaparecem. Na SSS, há duas sub-divisões que ajudam nas operações do SSS contra o anjo: a primeira é uma banda de quatro meninas chamada Dead Girls Monster, também conhecida como GirlDeMo, cujo objetivo no SSS é distrair o anjo, com uma grande quantidade de estudantes e professores da escola para o SSS realizar operações de distração. Outra organização, do SSS é a Guild, localizada muito abaixo da superfície do mundo pós-vida, que serve para fornecer armas para a SSS usar contra o anjo. Qualquer pessoa em vida após a morte é capaz de criar qualquer coisa que eles tinham na sua memória em vida, e a SSS usa esta habilidade para produzir armas em massa.
O anjo usa uma capacidade similar para criar seus poderes sobrenaturais conhecidos como “guard skills”, com o auxílio de um programa de computador chamado Angel Player. O primeiro que ela usa é chamado de "hand sonic", uma lâmina capaz de tomar cinco formas diferentes. Outras habilidades são: "distortion", uma barreira invisível que desvia balas ou projéteis; "delay", que cria uma imagem para desorientar o inimigo (eficaz em ataques corpo a corpo, confundindo o inimigo para atacar em outro lugar), "harmonics", que cria um clone com uma consciência própria que é formada a partir da original; além de outros poderes. Essas habilidades são ativadas ao dizer o seu nome. No entanto, outras como "overdrive", que lhe dá grande força física, está sempre presente sem ter a necessidade de ativá-la.
A Guild é propositadamente destruída após o anjo ter se infiltrado no complexo, mas os membros da Guild deslocaram-se para a velha Guild, que o anjo não conhece. Otonashi começa a se acostumar com a vida após a morte. Ele conversa com a líder e vocalista do Dead Girls Monster, Iwasawa, que revela para ele o seu passado, e sua paixão pela música. Em uma operação do SSS ela desaparece na frente de uma multidão de pessoas depois de uma performance musical solo. Yui então se torna a vocalista da banda. O SSS descobre que o nome real do "Tenshi"(Anjo) é Kanade Tachibana, e após uma operação bem sucedida, Kanade perde sua posição como presidente do conselho estudantil e o vice-presidente Naoi sucede ela. Ao contrário de Kanade, Naoi tem um temperamento maléfico e vira o novo inimigo do SSS e usa os seus poderes de hipnose para controlar os NPCs para lutar por ele. Otonashi é capaz de detê-lo depois de reconhecer a existência de Naoi. Então Naoi posteriormente se junta ao SSS. Otonashi recupera suas memórias com a ajuda da hipnose de Naoi e concorda em prosseguir com o SSS. Com Kanade uma estudante normal agora, Otonashi faz amizade com ela e convida-a para participar das atividades do SSS. Kanade usa um dos seus poderes para clonar a si mesmo, resultando em um clone violento. O clone replica-se, muitas vezes, mas os clones mais tarde são absorvidos de volta para Kanade após Yuri reescrever o programa Angel Player. Como efeito por Kanade ter absorvido todos os clones, ela tem de lutar para que ela consiga voltar ao corpo com a sua alma original. Mas Depois de um tempo lutando em seu consciente Kanade consegue superar as personalidades dos clones violentos.
Otonashi começa a cooperar com Kanade para ajudar os outros membros do SSS a seguir em frente, depois de plenamente se lembrar dos detalhes de sua vida e da morte. Kanade é reintegrada a posição de presidente do conselho estudantil, de acordo com seu plano. Otonashi e Kanade cooperam para que Yui cumpra seus desejos e então passar adiante, mas é Hinata, no final, que cumpre seu último desejo que é o de se casar, que lhe permite passar. Sombras misteriosamente aparecem e começam a atacar os membros do SSS. Takamatsu é devorado, mas reaparece como um NPC. Otonashi com os outros membros do SSS concordam em passar adiante ao invés de se tornar um NPC, incluindo o resto das Dead Girls Monster, e vários membros não identificados. Yuri anúncia que os NPCs estão se transformando em sombras, e sua investigação sobre quem está por trás dessa leva de volta para a guild. Depois de receber a ajuda de Otonashi, Kanade, Hinata e Naoi, Yuri encontra um garoto que lhe diz que ele foi programado para ativar o programa quando o amor for detectado no mundo pós-vida. O programador se transformou em um NPC muito antes. Yuri destrói os computadores responsáveis pelo programa da sombra. Três dias depois do incidente, Otonashi, Yuri, Kanade, Hinata e Naoi são os únicos ainda que não passaram adiante. Eles realizam uma cerimônia de formatura, onde um a um agradecem o seu apoio. Após Naoi, Yuri e Hinata passarem, Otonashi descobre e lamenta que Kanade não era capaz de lhe agradecer por ter recebido o seu coração após sua morte. Otonashi está inconsolável depois que ela agradece e passa como ele estava apaixonado por ela, mas ele também passa pouco tempo depois. No final do último episódio, após os créditos, Otonashi encontra Kanade novamente no mundo real.